سالهايى كه خواجه براى تحصيل در عراق به سر مى برد اخبار پراكنده و ناگوارى از تجاوز قوم مغول

به ايران به گوش مى رسید، مغولها اقوام بيابانگردى بودند كه با ابزار و لوازم ابتدایی  در بیابانها و

صحراها به دامدارى و شكار می پرداختند،  يسوگا از روساى مغول سر به شورش نهاد و عده زيادى

از قوم چین شمالی را به اطاعت خود در آورد. پس ازوى پسر بزرگش تموچين كه بعدها به چنگيزخان

 شهرت يافت به جاى پدر نشست و پس از جمع آورى لشكريان بسيار به كشورهاى بسيارى حمله كرد .

ايران كه در آن زمان حاكمى بى سياست و نالايق به نام  سلطان محمد خوارزمشاه  بر آن فرمانروايى

 مى كرد از هجوم مغولان در امان نماند و شهرهاى مختلفى از آن مورد تاخت و تاز آنان قرار گرفت .

اين هجوم از سال 616 ق . شروع شد و در پى آن شهرهاى بسيارى از ايران بجز مناطق جنوبى

كشور به تصرف مهاجمان در آمد .در اين ميان شهر نيشابورنیزمورد تهاجم قرار گرفت . طبق دستور

دختر چنگیز،پس از كشتار دسته جمعى  هفت شبانه روز بر شهر آب بسته ، آن را شخم زدند تا بتوانند

در آن جو بکارند. برخى عدد كشتگان نيشابور را 000 / 748 / 1 نفر دانسته اند.

اخبار دردناك حمله مغول خواجه نصير را بر آن داشت تا براى كمك به هموطنان و خانواده خويش

راهى ايران شود.شهر طوس مانند نیشابور ویران نشده بود اما مردم از ترس جان خویش فرار کرده

بودند. او به سوی خانه اى كه زادگاهش بود رفت اما كسى را در آن خانه نيافت .

خواجه با راهنمايى يكى از دوستان پدرش  اطلاع پيدا كرد كه مادر و خواهرش براى نجات جان خود به

 شهر قائن رفته اند .طوسی به نزد خانواده اش در قائن رفت اما خبر مرگ برادرش صادق او را متاثر

 کر. پس از چندى سكونت در آنجا به تقاضاى والى شهر، امام جماعت يكى از مساجد شد و احترام ويژه

 اى به دست آورد. او در سال 628 ق . درسن  سی و یک  سالگی   در قائن با نرگسدختر فخرالدین

نقاش ازدواج كرد.حاصل ازدواج او سه پسر به نامهاي صدرالدين على ، اصيل الدين حسن  ،خواجه

فخرالدين محمد  بود.

فرزند بزرگ او  در كنار پدر و همگام با او بود و در فلسفه ، نجوم و رياضى بهره كافى داشت .

دومين فرزندش نيز اهل دانش و فضيلت  و در زمان حياتش اغلب به امور سياسى مشغول بود.

فرزند كوچك  رياست امور اوقاف در كشورهاى اسلامى را به عهده داشت.